El concepto de Chile, las imágenes prohibidas surgió en mayo de 2012, cuando Pedro Azócar (editor periodístico del programa), Patricio Caldichoury (director de prensa de Chilevisión) y Paz Díaz (jefa de producción de Chilevisión noticias) tuvieron la idea de exhibir videos de la dictadura en Chile registrados por corresponsales de medios extranjeros, como Pablo Salas y Raúl Cuevas.
Después de recopilar y revisar más de trescientas horas de metraje en formato VHS, Betacam, Hi8 y cine, el equipo del programa se dedicó a buscar a algunas de las personas que aparecían en las imágenes. Para lograrlo, acudieron a organismos de derechos humanos, partidos políticos y la Vicaría de la Solidaridad.
Durante el proceso de producción, el equipo de realizadores creció paulatinamente. Se unieron al grupo Claudio Marchant como director audiovisual, Tatiana Lorca y Mariana Carrasco como productoras en terreno, Gerson Garrido como camarógrafo y director de fotografía, Javier Hernández como montajista y Benjamín Vicuña como conductor.
Aparte de las tomas de archivo, el programa cuenta con entrevistas realizadas por Vicuña que fueron filmadas en distintos lugares, como el Estadio Nacional, el Museo de la Memoria y los Derechos Humanos y la población La Victoria.